Есть ли в Японии места куда ещё не добрались толпы туристов?

Да, такие места есть, но нужна осторожность: «не туристические» участки часто означают слабую инфраструктуру и риски. Например, полуостров Кии (кроме Кумано Кодо), острова Окинава вроде Окинавена, или префектура Симанэ с их древними храмами. Многие тропы в горах Тохоку, например, в национальном парке Бадай-Тайсэцу, почти пусты в будни. Но советую проверять локальные правила и сезонность: в дожди или сезон медведей там может быть не просто неуютно, а опасно без подготовки. Индивидуальная переносимость одиночества тоже важна - если вы привыкли к комфорту, такие места могут вызвать стресс.